En un principio, la intención era que Jaguares fuera un taller musical al estilo de King Crimson , donde, bajo la batuta de Hernández, un grupo siempre cambiante de músicos planteara nuevos caminos disco tras disco; sin embargo, a partir del tercer álbum el grupo ha quedado fijado con Saúl (voz y guitarra), Alfonso André (batería y percusiones) y el Vampiro (guitarra). De cualquier modo, los créditos de los discos siempre indican que Saúl es Jaguares y el resto músicos invitados.

Tras la separación de Caifanes en 1995 el rock mexicano tenía un gran vacío, ya que uno de sus representantes más importantes había desaparecido. Había terminado la era caifán. Saúl Hernández, quien se había sometido a una operación en la garganta no quería terminar con el legado de rock que había dejado atrás, así que en 1996 junto con Alfonso André (batería), José Manuel Aguilera (guitarra) y Federico Fong (bajo) (Miembros del grupo La Barranca) formó un nuevo proyecto llamado Jaguares. Según dice el mismo Saul Hernandez el nombre de Jaguares surgió de un sueño, en el cual se veía a él y a Alfonso Andre tocando, pero el escenario era el hocico de un jaguar, tocaban sobre la lengua y detrás de los colmillos. Su debut fue "El equilibrio de los jaguares". Que represento un suceso ya que en su primera semana vendió 250 mil copias. Con este disco jaguares planeaba lanzarse a la conquista de Europa para lo que ya tenían planeada una gira, pero el problema de la garganta de Saul impidió esto, separándolo de los escenarios durante 2 años. Después le seguiría el disco doble "Bajo el azul de tu misterio" y cambios en la alineación al incorporarse el bajista Sabo Romo (ex miembro de Caifanes) y los guitarristas Jarris Margalli y César López, el Vampiro (ex-Maná). Este disco los volvió a la escena musical, ya que en una reconocida encuesta obtuvieron los premios:

 

El equilibrio de los jaguares de Jaguares
Bajo el azul de tu misterio de Jaguares
Cuando la sangre galopa de Jaguares
El primer instinto de Jaguares
Crónicas de un laberinto de Jaguares

Nota Alfonso André y Cesar López son los únicos que participaron en las dos pistas.